| number of genes | |||||
---|---|---|---|---|---|---|
family, group, or pathway | in genome | on array | signal above bkgnd. | > 2 fold up | > 2 fold down | assignment to STEM profiles (Fig. 2) cluster:# of genes |
ALFIN* | 7 | 7 | 4 | 0 | 3 | i:3 |
AP2/EREBP* | 146 | 138 | 76 | 50 | 6 | a:8;b:31;c:6;d:3;e:1; f:2;h:1;i:1;j:1;k:1;l:1; o:2 |
ARF* | 23 | 20 | 12 | 4 | 0 | a:3;d:1;f:1 |
AS2* | 42 | 39 | 15 | 7 | 3 | a:2;b:1;c:3;g:1;i:2;j:1; p:1 |
AUX/IAA | 29 | 28 | 15 | 7 | 1 | a:4;b:3;d:1;f:1;i:1;j:1 |
B3 | 39 | 36 | 8 | 2 | 2 | a:1;b:1;i:2 |
bHLH | 163 | 148 | 62 | 15 | 14 | a:8;b:4;c:3;d:1;h:1;i:7; j:4;k:2;o:1;p:1 |
bZIP | 75 | 68 | 42 | 11 | 11 | a:5;b:5;c:2;i:3;j:4;l:1; o:2;p:1 |
C2C2-co-like* | 31 | 31 | 13 | 5 | 2 | b:1;d:1;e:1;f:2;i:1;j:1 |
C2C2-DOF* | 36 | 31 | 15 | 8 | 1 | b:5;c:1;d:2;g:1;k:1 |
C2C2-GATA* | 29 | 27 | 14 | 3 | 3 | b:3;d:2;h:1;i:1;j:1 |
C2H2* | 130 | 122 | 57 | 22 | 14 | a:5;b:15;c:1;d:1;f:1; i:5;j:6;o:2 |
C3H | 33 | 31 | 13 | 5 | 2 | a:1;b:3;c:1;j:1;n:1 |
CCAAT-HAP2 | 10 | 10 | 5 | 3 | 0 | b:2;l:1 |
CCAAT-HAP3 | 11 | 11 | 7 | 2 | 2 | a:2;i:1;j:1 |
CCAAT-HAP5 | 13 | 12 | 5 | 3 | 1 | a:1;c:1;f:1;o:1 |
GARP-ARR-BARR19 | 12 | 12 | 4 | 1 | 1 | b:1 |
GARP-G2-like* | 43 | 43 | 26 | 8 | 8 | b:4;c:1;d:3;f:1;i:3; j:4 |
GeBP | 16 | 14 | 4 | 0 | 0 | n/a |
GRAS* | 32 | 30 | 14 | 4 | 5 | b:1;c:1;d:1;i:2;j:2;p:1 |
HB* | 94 | 92 | 40 | 15 | 3 | a:3;b:9;d:1;e:1;f:2;i:1; j:1;l:2;m:1 |
HMG | 10 | 8 | 5 | 0 | 4 | i:1;j:2;n:1 |
HSF* | 24 | 23 | 13 | 10 | 1 | a:6;b:4;d:1 |
JUMONJI | 13 | 13 | 4 | 2 | 0 | a:1;b:1;d:1 |
LIM | 6 | 6 | 4 | 0 | 3 | h:1;j:2;o:1 |
MADS | 107 | 96 | 17 | 2 | 7 | a:1;f:1;i:2;j:3;o:1 |
MYB* | 203 | 188 | 84 | 33 | 12 | a:9;b:18;c:1;d:5;f:2;i:3; j:5;n:1;o:1 |
NAC* | 113 | 107 | 47 | 26 | 7 | a:9;b:10;c:1;d:1;e:1;f:2; g:1;j:4;o:2 |
Nin-like | 14 | 14 | 6 | 0 | 2 | j:2 |
PHD | 11 | 10 | 4 | 1 | 1 | b:1;i:1 |
PLATZ* | 9 | 8 | 5 | 2 | 0 | b:2 |
SBP | 16 | 15 | 8 | 3 | 1 | a:1;b:2;i:1 |
TAZ | 9 | 9 | 4 | 2 | 0 | b:1;d:1;f:1 |
TCP | 24 | 23 | 5 | 0 | 0 | d:1 |
Trihelix | 28 | 28 | 15 | 3 | 5 | a:1;b:2;i:3;j:1;n:1 |
TUB | 11 | 10 | 6 | 1 | 2 | a:1;i:2 |
WRKY* | 72 | 65 | 35 | 18 | 8 | a:4;b:10;c:2;d:2;i:4; j:2;l:1 |
ZF-HD | 15 | 15 | 6 | 1 | 2 | d:1;j:2 |
ZIM* | 15 | 12 | 10 | 8 | 1 | b:3;c:3;d:1;f:1;o:1 |