S. No. | SSRs details | No. primers designed | Primers recorded successful amplification | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | Repeat type | No. | Repeat motif units | No. of SSRs identified | Class I * | Class II ** |  |  |
1. | Di-nucleotides | 61 | (TA)n | 5 | 5 | Â | 3 | 2 |
 |  |  | (TC)n.(GA)n | 51 | 48 | 3 | 47 | 29 |
 |  |  | (CA)n.(TG)n | 5 | 5 |  | 2 | 1 |
2. | Tri-nucleotides | 37 | (TTC)n.(GAA)n | 7 | 6 | 1 | 6 | 5 |
 |  |  | (TCC)n.(GGA)n | 1 | 1 |  | 1 | 1 |
 |  |  | (TCG)n.(CGA)n | 3 | 3 |  | 1 | 1 |
 |  |  | (CAT)n.(ATG)n | 7 | 7 |  | 6 | 4 |
 |  |  | (TGG)n.(CCA)n | 6 | 6 |  | 4 | 4 |
 |  |  | (CTG)n.(CAG)n | 5 | 5 |  | 5 | 1 |
 |  |  | (CCG)n.(CGG)n | 3 | 2 | 1 | 2 | 1 |
 |  |  | (TTA)n.(TAA)n | 3 | 3 |  | 2 | 2 |
 |  |  | (CAA)n.(TTG)n | 2 | 2 |  | 2 | 2 |
4. | Tetra-nucleotides | 8 | (TATG)n.(CATA)n | 2 | 2 | Â | 1 | - |
 |  |  | (TTTG)n.(CAAA)n | 3 | 2 | 1 | 2 | 1 |
 |  |  | (TTTC)n. (GAAA)n | 1 | 1 |  | 1 | 1 |
 |  |  | (TTGG)n.(CCAA)n | 1 | 1 |  | 1 | 1 |
 |  |  | (ACTG)n.(CAGT)n | 1 | 1 |  | 0 | - |
5. | Penta-nucleotides | 9 | (TTCCC)n.(GGGAA)n | 1 | 1 | Â | - | - |
 |  |  | (TTGTG)n.(CACAA)n | 1 | 1 |  | 2 | 1 |
 |  |  | (GAGAA)n.(TTCTC)n | 2 | 2 |  | 1 | 1 |
 |  |  | (TTTTA)n.(TAAAA)n | 1 | 1 |  | 1 | - |
 |  |  | (CAAGC)n.(GCTTG)n | 1 | 1 |  | 1 | - |
 |  |  | (GGAAA)n.(TTTCC)n | 1 | 1 |  | 1 | 1 |
 |  |  | (CGCTG)n.(CTGCG)n | 1 | 0 | 1 | 1 | - |
 |  |  | (TTCTC)n.(GTGAA)n | 1 | 1 |  | 1 | 1 |
6. | Hexa-nucleotides | 5 | (GGGAGA)n.(TCTCCC)n | 1 | 1 | Â | - | - |
 |  |  | (CCCTAA)n.(TTAGGG)n | 1 | 1 |  | 0 | - |
 |  |  | (TTTTTA)n.(TAAAAA)n | 2 | 2 |  | 1 | - |
 |  |  | (CAAAAA)n.(TTTTTG)n | 1 | 1 |  | 1 | 1 |
 | Total | 120 |  | 120 | 113 | 7 | 96 | 61 |