ddRAD sequencing-based identification of inter-genepool SNPs and association analysis in Brassica juncea

Sudan, Jebi; Singh, Ravinder; Sharma, Susheel; Salgotra, Romesh K.; Sharma, Varun; Singh, Gurvinder; Sharma, Indu; Sharma, Swarkar; Gupta, Surinder K.; Zargar, Sajad Majeed

doi:10.1186/s12870-019-2188-x

BMC Plant Biology

Table 4 Summary of SNP markers used for genetic diversity analysis

From: ddRAD sequencing-based identification of inter-genepool SNPs and association analysis in Brassica juncea

Marker	Minor Allele frequency	Gene diversity	Heterozygosity	PIC
A01_15062568	0.0733	0.1359	0.0667	0.1267
A01_1808370	0.3182	0.4339	0.0649	0.3398
A01_2139728	0.0385	0.0740	0.0769	0.0712
A01_6850903	0.2013	0.3216	0.4026	0.2699
A02_11859880	0.0130	0.0256	0.0000	0.0253
A02_24062658	0.3354	0.4458	0.6709	0.3465
A02_6601611	0.1795	0.2945	0.1538	0.2512
A03_20651981	0.3158	0.4321	0.1579	0.3388
A03_235511	0.0921	0.1672	0.1842	0.1533
A03_8547652	0.4423	0.4933	0.2436	0.3716
A04_17601178	0.3333	0.4444	0.0870	0.3457
A04_22058882	0.0068	0.0136	0.0137	0.0135
A05_77262	0.1597	0.2684	0.1528	0.2324
A06_13980299	0.0986	0.1777	0.0563	0.1619
A06_23478761	0.1800	0.2952	0.0933	0.2516
A06_6796237	0.3654	0.4638	0.0385	0.3562
A06_7120163	0.1159	0.2050	0.0580	0.1840
A07_11271	0.1776	0.2922	0.1184	0.2495
A07_15075686	0.2697	0.3940	0.3816	0.3164
A07_27294906	0.0455	0.0868	0.0390	0.0830
A08_19948782	0.0570	0.1074	0.0633	0.1017
A08_26316831	0.1859	0.3027	0.2436	0.2569
A08_3122114	0.0461	0.0879	0.0921	0.0840
A09_14703423	0.2961	0.4168	0.5921	0.3299
A09_21038191	0.3651	0.4636	0.3175	0.3561
A09_2675557	0.1169	0.2064	0.2338	0.1851
A09_53225827	0.0506	0.0961	0.0253	0.0915
A10_7119156	0.0316	0.0613	0.0127	0.0594
B01_31415063	0.2603	0.3851	0.1096	0.3109
B01_4700624	0.0132	0.0260	0.0263	0.0256
B02_14715231	0.1646	0.2750	0.1519	0.2372
B02_1692560	0.2500	0.3750	0.0897	0.3047
B02_372260	0.3882	0.4750	0.1974	0.3622
B03_11917496	0.0600	0.1128	0.0400	0.1064
B03_3641145	0.1842	0.3006	0.3684	0.2554
B03_36694310	0.0949	0.1718	0.0633	0.1571
B03_7368186	0.0063	0.0126	0.0127	0.0125
B04_1593069	0.0135	0.0267	0.0270	0.0263
B04_20687623	0.2273	0.3512	0.0909	0.2896
B04_27793042	0.2368	0.3615	0.3684	0.2962
B05_329343	0.1948	0.3137	0.2338	0.2645
B06_1587764	0.3467	0.4530	0.6933	0.3504
B06_18644772	0.2658	0.3903	0.5316	0.3141
B06_9741730	0.3333	0.4444	0.1600	0.3457
B07_19090096	0.4675	0.4979	0.9351	0.3739
B08_189749	0.1582	0.2664	0.1139	0.2309
B08_72248023	0.0584	0.1101	0.1169	0.1040
B08_7286923	0.3377	0.4557	0.0779	0.3631
Mean	0.1660	0.2410	0.1676	0.1978

Back to article page

ISSN: 1471-2229

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com